Първоначално селото е носело името Куманиче. Появилата се през 11 век чума, принуждава жителите да се заселят в Лозенската планина. И днес съществува местност, която се нарича “Куманичките кошари”. След около половин век, родствениците на първите куманичени се връщат в родната земя. . В началото на 15 век, селото се преименува в Кумандже, но в края на века и в 16 век продължава да носи първото си име Куманиче. Интересен е фактът, че през 1859 – 1860 година жителите на селото събират средства, които предоставят на Софийската Света Митрополия за построяването на катедралния храм “Св. Неделя” в столицата. В първата половина на 20 век, селото се преименува в Кубратово, име, което носи и до днес.