Стефан Антонов Софиянски е роден на 7 ноември 1951 г. в град София. Син на Антон Ангелов Софиянски и Елена Бояджиева Софиянска, има сестра - Мария. През 1974 г. завършва статистика във Висшия икономически институт „Карл Маркс“. През следващите години е чиновник в Министерството на съобщенията и информацията (1974-1975 г.), а след това работи в Центъра по електронизация на строителството и строителната индустрия (1975-1991 г.).

При правителството на Филип Димитров Софиянски е председател на Комитета по пощи и далекосъобщения (1991-1993 г.). През 1993 г. става заместник-председател на СДС и през ноември 1995 г. е избран за кмет на София. От 12 февруари до 21 май 1997 г. е начело на служебен кабинет, назначен от президента Петър Стоянов. През 1999 г. е преизбран за кмет на столицата.

Непосредствено преди президентските избори през 2001 г. Стефан Софиянски напуска СДС и застава начело на основаната от него партия Съюз на свободните демократи. Като кандидат на ССД той получава трети мандат като кмет на София през 2003 г.

На парламентарните избори през 2005 г. ССД участва в коалицията Български народен съюз, заедно с БЗНС - Народен съюз на Анастасия Мозер и ВМРО-БНД на Красимир Каракачанов. Коалицията печели 13 места в състава на 40-то Народно събрание. Софиянски е избран за депутат и за съпредседател на парламентарната група.

През 2006 г. Софиянски е сред избраните от парламента за наблюдатели в Европейския парламент и от 1 януари 2007, след като България става член на ЕС, става временен депутат там до първите избори за български евродепутати през май 2007 г.

През 2008 г. заема все по-радикални десни позиции, аргументирайки се с написаното в Библията. "Не различавам позицията си от тази на Боян Расате", каза Софиянски по повод организирания в края на юни 2008 г. гей-парад в столицата.

През 2004 г. Софийска градска прокуратура започва разследване на четири сделки направени от Столична община и завежда три дела срещу Софиянски за престъпления по служба, във връзка с продажбата на Централните софийски хали, на бизнес центъра Гурко 1 и на терен за строителство на Милениум център.[2] Между 5 май и 29 юли 2004 г. Софиянски временно е отстранен от поста кмет на София, за да не възпрепятства разследването.

След избирането му за депутат в Народното събрание делата временно са прекратени, поради депутатския му имунитет, но към октомври 2005 се създава парламентарна комисия, която започва да разглежда исканията на главния прокурор Никола Филчев от 27 септември и 25 октомври 2005 за сваляне на имунитета му. Тъй като според настоящата конституция не е възможно депутат сам да се откаже от имунитета си, а процедурата е много дълга и сложна, Съюза на свободните демократи внася предложение за конституционна промяна, в която имунитета да може да се свали по искане на депутата, и да се разреши продължаването на процесуалните действия за него.

През февруари 2006, парламентарната комисия, занимаваща се с това да разясни, дали има достатъчно основания имунитетът на Софиянски да бъде свален, излиза със становището, че няма такива основания. При последвалото обсъждане на гласуването, самият Софиянски призовава колегите си да гласуват за сваляне на имунитета му. На 22 февруари предложението е прието, което дава възможност за продължаване на съдебните дела срещу него, за които се отнася искането на главния прокурор.

През юни 2006 Софийски градски съд оправдава Софиянски по делото с Централните софийски хали. Съдът приема, че при сключване на сделката Софиянски само е изпълнявал решение на Общинския съвет, в което не е участвал и освен това Халите са все още общинска собственост, така че не може да се говори за сериозно ощетяване на общината.[3]

Впоследствие, Софиянски е избран за наблюдаващ в Европейския парламент и от 1 януари 2007 става временен евродепутат там, което поражда въпроса има ли той имунитет произтичащ от това.[4][5] След изборите, в края на май 2007, Софиянски не успява да се класира за евродепутат и делото срещу него за Милениум център е подновено.

През септември 2007 Софийски градски съд оправдава Софиянски по второто дело - за Милениум център.[6] Според Софиянски, тогавашният главен прокурор, Никола Филчев, е завел делата „по поръчка на кръг от хора около него“.[6]

През февруари 2008 Софиянски е оправдан и по делото за Гурко и НИКМИ-АД, след като обвинителят заявява, че няма достатъчно доказателства срещу обвиняемите
Виж още: Кметовете на София